B公司在上市前，即2016年6月6日，經臨時股東會審議通過，由公司原股東作為發起人，以截至2016年4月30日的公司賬面凈資產按比例折股，其餘凈資產計入資本公積，依法整體變更為股份有限公司。證監會發審委對其提出的主要涉稅問題是：發行人自然人股東，未就2016年發行人股改中資本公積金轉增股本繳納個人所得稅。

根據相關稅收法規規定，股份制企業用資本公積金轉增股本不屬於股息、紅利性質的分配，對個人取得的轉增股本數額，不作為個人所得，不徵收個人所得稅。這裡的「資本公積金」，指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金。而對以未分配利潤、盈餘公積和除股票溢價發行外的其他資本公積轉增註冊資本和股本的，要按照「利息、股息、紅利所得」項目，依據現行政策規定計征個人所得稅。

需要注意的是，在實務中，至少在2016年以前，對有限公司變更為股份有限公司過程中產生的資本溢價，是否屬於相關法規規定的股票溢價，一直存有爭議。隨着《財政部、國家稅務總局關於將國家自主創新示範區有關稅收試點政策推廣到全國範圍實施的通知》（財稅〔2015〕116號）及《國家稅務總局關於股權獎勵和轉增股本個人所得稅征管問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第80號）的發佈，爭議得到平息。根據規定，非上市及未在全國中小企業股份轉讓系統掛牌的其他企業轉增股本，應及時代扣代繳個人所得稅。即除上市公司及新三板掛牌公司外，其他企業（包括所有的有限責任公司）資本公積（包括資本溢價）轉增股本均需要繳納個人所得稅。實踐中，各地稅務機關也多要求徵稅。

因此，企業針對資本公積轉增股本時應納的個人所得稅，需提前跟相關部門溝通，按時繳納，以免對IPO進程造成阻礙。

A公司披露的信息顯示，公司適用了如下稅收優惠：自行開發銷售軟件增值稅率超過3%的部分實行即征即退；提供技術轉讓、技術開發和與之相關的技術諮詢、技術服務免徵增值稅；分別於2008年、2011年、2014年和2017年取得高新技術企業證書，享受15%的企業所得稅優惠；4家子公司2015年~2017年為小型微利企業，享受20%減半徵收的企業所得稅優惠。同時，該公司2014年和2017年取得的政府補助接近同期利潤總額的五成。

證監會發審委提出如下問題：發行人是否對政府工程存在較大依賴？是否對稅收優惠、政府補貼存在重大依賴？是否對持續盈利能力造成重大不確定性？

基於招商引資、促進地方經濟發展等目的，當一家企業確定上市目標後，很容易被地方政府當作重點企業予以照顧，一些地方政府越權批准減免稅的問題也屢見不鮮。這容易導致對上市企業不恰當的利益輸送，也將影響企業的長期盈利表現。

因此，如果企業享受的是合法可持續的稅收優惠，如持續滿足高新技術企業資格而享受15%的企業所得稅稅率，其持續盈利能力一般不會受到質疑。但是，如果稅收優惠不能持續，或享受的稅收優惠本身是違規的，則擬掛牌企業的持續盈利能力會受到重大質疑，IPO被否的可能性極大。

從招股說明書相關信息可以了解到，D公司享受軟件增值稅即征即退優惠。其配套生產的試劑主要用於儀器的日常清洗和維護，D公司將試劑銷售收入列入軟件銷售收入範疇，列示了試劑銷售收入在軟件銷售收入中的佔比情況。

證監會發審委質疑：試劑主要是清洗和維護儀器的，是否可以列入享受增值稅即征即退的範疇？

從條件上看，滿足下列條件的軟件產品，經主管稅務機關審核批准，可以享受財稅〔2011〕100號文件規定的增值稅優惠：取得省級軟件產業主管部門認可的軟件檢測機構出具的檢測證明材料；取得軟件產業主管部門頒發的《軟件產品登記證書》或著作權行政管理部門頒發的《計算機軟件著作權登記證書》。

因此，不論從定義上還是從條件上來看，試劑都不符合軟件產品增值稅即征即退的前提條件。提醒企業在享受稅收優惠的同時，要檢測自身實質條件是否符合相關優惠政策的要求，提前進行相應的調整和修正，以防因為享受優惠而吃了大虧。

其招股說明書顯示，E公司曾因保稅料件短少遭到海關的行政處罰，付出了2764萬元的代價，並根據相關規定被責令補稅。E公司補繳了347萬元關稅和1417萬元增值稅，占公司當年凈利潤的5.3%。

證監會發審委認為，E公司上述行為已構成本次發行上市實質性法律障礙。

重大違法行為的認定，應把握違法行為的「重大性」，綜合考慮違法行為的事實、實質、情節、社會危害程度等因素。下列違法行為應被認定為重大違法行為：主管機關在行政處罰文書中已認定為重大違法行為的；根據國家或地方相關主管部門制定的判斷標準，屬於重大違法行為的。稅務機關認定方面，《重大稅務案件審理辦法》提供了一定的參考標準。

對於上述處罰，常見的解決辦法是，企業向處罰機關申請開具相關處罰不屬於重大違法違規的證明。鑒於此類證明的開具在實踐中較為複雜，建議企業防患於未然，提前防範相應的稅務風險，避免處罰發生。一旦無可避免，應積極溝通，就相應處罰事項的「非重大認定」提供必要的證明資料和說明，必要時會涉及IPO申報期的調整。

根據公開披露的信息，C公司因進出口業務需要以及部分境外客戶、供應商的收付款要求，需要其香港關聯公司代收代付部分進出口貨款。證監會發審會質疑：C公司通過香港關聯公司代收代付貨款，涉嫌存在通過關聯交易進行利益輸送。

此外，C公司銷售費用率、管理費用率遠低於可比公司。證監會發審會提出疑問：C公司的銷售費用率、管理費用率遠低於可比公司的具體原因？是否具有合理性？是否存在關聯方承擔成本或代墊費用的情況？

《企業所得稅法》規定，企業與其關聯方之間的業務往來，不符合獨立交易原則而減少企業或者其關聯方應納稅收入或者所得額的，稅務機關有權按照合理方法調整。《稅收徵收管理法》規定，企業與其關聯企業之間的業務往來，應當按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用；不按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用，而減少其應納稅的收入或者所得額的，稅務機關有權進行合理調整。同時，《國家稅務總局關於發佈〈特別納稅調查調整及相互協商程序管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2017年第6號）還規定了稅務機關對關聯交易進行特別納稅調查和調整的具體流程。

對於關聯交易的審查，不論是必要性、公允性還是規範性，其根本要求就是符合獨立交易原則。因此，企業與關聯方之間的交易，不能以轉移利潤或者其他不正當原因為目的，其關聯交易的定價需要參照與非關聯方交易的定價確定。必要時可以考慮檢索可比公司，就可比公司的相關數據進行基準測試，以證明本公司定價或利潤水平的合理性。利用關聯交易進行避稅安排的公司，應重新審視自身的業務模式和稅務架構，以規避或降低潛在的稅務風險。